Фамилия происходит от прозвища Губонин Gubonya. Она восходит к существительному "губу", что означает "край рта у человека и животных".
Возможно, прозвище Gubonya указывает на особенности внешности его владельца. Таким образом, чтобы назвать человека с пухлыми губами.
Вполне возможно, что название происходит от прозвища Губонин Gubonya формируется из существительного "губу", который установлен в "отсек" или "регион, округ, деревня, двор, коттедж, графство собственности". Возможно, имен Gubonya с указанием их места жительства его владельца или черт его дома, размер экономики.
Имена, начиная с существительным "губу", а старый. Об этом свидетельствуют документы XV-XVII века, который относится к Новгороде крестьянин, Иван Губанов, благородный и потомком родного Смоленска Алексей Губанов, крестьянин Иван Губанов. Gubonya легли в основу семьи Губонин. В формировании славянских фамилий использовались различные форманты: суффиксы принадлежности (-ov/-ev, в -skiy/-tsky), уменьшительно-суффиксы (-onok/-enok, EHKO-,-ко,-ан,-ес-U ,-чик,-Enya), суффиксы, отчества (-ovich/-evich,-ич) и другие Gubonya в конечном счете получил название Губонин.
Среди известных однофамильцев можно назвать промышленника и мецената Петра XIX века Ионович Губонин, и русский живописец и историк Церкви Михаил Ефимович Губонин.