Фамилия Ковтунов формируется из Ковтун прозвища. Она восходит к украинскому слову "Ковтуна", которое переводится на русский как "мат". Клубков в старину называли болезнь волос на голове. Таким образом, по прозвищу Ковтун мог получить больной человек.
Кроме того, в некоторых сибирских диалектов, слова "Ковтун", было использовано в смысле "пельмени". Таким образом, название может указывать на Ковтунов а также некоторые внешние черты предка (полнота и приседать) или его природы (лень, вялость).
По другой версии, Ковтун - "защитные" имя, которое родители ребенка в надежде, что он не будет болеть. По словам суеверных обычаев, существовавших в России, как и имена они носят детей, чтобы отвращение злых сил. Чтобы не искушать судьбу и принять зло, детям давали имена со значением прямо противоположным тому, что вы ожидаете или хотите родителей к детям. В этом случае, в надежде иметь красивые и здоровые мальчик, его родители назвали Ковтун. Ковтун, который в итоге получил название Ковтунов.