Фамилия Конотоп формируется из аналогичных прозвище, которое восходит к топоним Конотоп - название города, расположенного на реке Ezuch (приток Сейма) в Сумской области. Первое упоминание о городе датируется 1635 годом, в 1642 году крепость была построена здесь.
В 1659 году в городе и его окрестностях взял Конотоп битва между татаро-казачьего гетмана Выговского армии, которая нарушила решение Переяславской счастливой 1654 и московским войском Трубецкого. В 1782 году стал город Конотоп. Само название города Конотоп, вероятно, восходит к фразе "огонь лошадей».
вероятно, предок владельцев имен Конотоп был родом из этого города, долгое время жил в нем. В конце концов получила название Конотоп.