Фамилия образована от махонький махонький милыми прозвищами, что родители обычно давали новорожденным. Как и ник и короткий, маленький человечек.
Это название было распространено в Украине, на что указывает суффикс-ко. В Малой России же именем махонький может быть связано с глаголом "mahonati", что означает "волна, качели". В этом случае, это может означать, определенным образом предка, который любил качели оружия один или широким протектором. Позже, в 1888 году Сенат издал специальный указ, которым было написано: "Именованные частности имя не только право, но обязанность каждого человека полностью, и означает имена некоторых из документов, предусмотренных законом». Махонький, в конце концов получил название махонький.