Фамилия Пупынин формируется из прозвищ Pupynya, которая восходит к нарицательным "пуп". В старину называли Пупышев толстые украшения и выпуклости на серебряных кубков, пупок - домой. Скорее всего, Pupyney имени акушерка, мудрая женщина или мужчина с большой пупка, то есть живот.
В "Onomastikone" С. Б. Веселовского упоминается Пупынин Ждан, клерк, 1600, Новгороде. Pupynya в конечном счете получил название Пупынин.