Пустовойт фамилия происходит от прозвища Пустовойт. Пустовойт прозвище происходит от фразы "пуста Войти". В старые времена для въезда в Польшу, Украину, а в некоторых западных регионов России называют главным, города клерк, бригадира или избран старейшиной волости. Добавление прилагательного прозвище, скорее всего, указывает характеристика Войта, дается жителей сел под ним. В этом случае прозвище Пустовойт мог получить старшего, владения которых были уничтожены огнем, голод, эпидемии.
Позже прозвище Пустовойт назвать Пустовойт.
Среди самых знаменитых однофамильцев - Владислав Иванович Пустовойт (р. 1936), академик, доктор физико-математических наук, директор Научно-технологического центра уникального приборостроения РАН.