Фамилия Пустынский вероятно, восходит к топоним пустыни - ее название имеет много городов и деревень в России (в частности, в Нижегородской области). Скорее всего, основатель семьи был родом из Пустынский одной из этих деревень.
Сэм пустыне топоним восходит к тем же общим названием. Пустыня была первоначально назывался уединенное место, где он живет отшельником, а позже - монастырь, возникший в безлюдной местности. В конце концов получила название Пустынский.