Основу названия было религиозное имя Фарафонов Ферапонт. Имя Ферапонт от греческого слова, означающего therapontos "спутником, помощником" и "ученик, слуга". Основой для этого семья была народной формы имени - Фарафонов.
Скорее всего прародитель Фарафонов был человеком простым классов. Тот факт, что фамилия происходит от полной формы имени, по сути социальной элиты, дворянства, или семья пользовалась в районе больше представителей власти, которые уважают соседи называли полным именем, в отличие от других классов, которые призывали к как правило, уменьшительными, производными, обычное имена. В конце концов получила название Фарафонов.