Фамилия Чистилин формируется из прозвищ Chistilya, которая восходит к прилагательное "чистый". Chistiley в старину называли чистотой, аккуратным человеком, и в северной Волга - денди, мод. Здесь, звали, и встречается чаще всего.
Вполне возможно, что это прозвище будет указывать на чистоту души, мысли его владельца. Поэтому возможно, что название отражает Чистилин и личности предка. Chistilya в конечном счете получил название Чистилин.