Фамилия Шафеев образуются от имени Шафеи, что диалектные вариант арабского мужского имени Шафи, переведенные на русский язык означает «лечение».
Наверное, называется тем же именем ребенка, родители хотят, чтобы их сын в будущем был хорошим и добрым человеком, чтобы помочь людям.