Фамилия Шишко происходит от прозвища Шишко. Ник Шишко может иметь различные значения. Например, указывают на оккупацию (сбор шишки) или физические (наросты на теле). Это прозвище будет придерживаться высокий мужчина и человек, который занимает высокий государственный пост, и бездельник, бездельник.
Возможно также происхождение фамилии украинских Шишко от базовой системы, что в переводе с крымскотатарского означает «опухоль». Однако, более правдоподобной является первая гипотеза.