Фамилия Шкунов формируется из прозвищ Шкунов, который, вероятно, восходит к нарицательным "Шкунов" - "битком, кусок дерева на шнур (веревка), для подложки под якорь ногу в сторону» или «Шкунов" - " мореходное судно с двумя мачтами и наклонена назад Шкунов специального оружия ". Вполне вероятно, что Шкунов называется Mariner. В этом случае прозвище относится к числу так называемых «профессиональных» имен, указывающих на вид деятельности предка.
По другой версии, основанные на прозвище глагол "Шкунов" - "улыбка, насмешка". В этом случае прозвище Шкунов мог получить веселый, насмешливый человек, шутник. Шкунов в конечном счете получил название Шкунов.